Прежде чем заливать файлы в репозиторий лучше предварительно создать фильтр.
Если же файл уже отслеживается Git, нужно добавить в список игнорируемых правило, а затем сказать Git что файл не изменяется. Читать далее «Игнорирование файла отслеживаемого в Git»