Если вы создаете БД по обстоятельствам и не уверены как база будет
использоваться, выбирайте Innodb.
Innodb следует использовать:
Когда взаимодействие с базой имеет характер OLTP (http://ru.wikipedia.org/wiki/OLTP)
Когда требуются транзакции.
Когда нужна высокая надежность хранения и быстрое восстановление после сбоя.
Innodb хорошо справляется со смешанной нагрузкой (select/update/delete/insert).
Минусы Innodb:
могут возникать deadlock, не свойственные MyISAM;
Медленнее выполняются insert операции и работа с блобами;
Не поддерживается полнотекстовый поиск;
Проблемы с производительностью COUNT(*);
Для Innodb нет поддержки mysqlhotcopy;
Читать далее «Выбор типа хранилища MySQL: MyISAM или Innodb»